宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。宏转录组测序可原位研究特定环境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况，结合理化因素的检测，宏转录组可研究多样本间由于指标的差异，时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。

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